Die Schule wird von Schulleiter Wolfgang Korn, seinem ersten Konrektor Michael Wagensohner und der zweiten Konrektorin Julia Benker geleitet. 

Seit dem Schuljahr 2014/15 hat die Kastulus Realschule Moosburg eine erweiterte Schulleitung. Die derzeitigen Mitglieder sind Irene Zöller, Antonia Garcia und Christian Fritz.

Sachaufwandsträger der Schule ist der Landkreis Freising.